果汁饮料灌装机的瓶子由风道输送，再由移瓶星轮输送到三合一机的打瓶机。打瓶机的转盘上安装有瓶夹，瓶夹夹住瓶口并沿导轨翻转180°使瓶口朝下。在洗瓶机的特定区域，洗瓶机喷嘴喷射洗瓶水来清洗瓶子的内壁。洗瓶沥干后，用瓶夹托住，然后沿导轨翻转180°，使瓶口朝上。洗好的瓶子由移瓶星轮从打瓶机中引出，送至灌装机。进入灌装机的瓶子被瓶颈支架夹住，被凸轮抬起，然后灌装阀被瓶口推开。采用重力填充法，灌装阀打开后，物料的灌装过程通过灌装阀完成，灌装后瓶口下降离开灌装阀，瓶子通过瓶颈过渡拨轮进入旋盖机。封盖机上的防旋转刀粘住瓶颈，保持瓶子直立，防止其旋转。封盖头在封盖机上保持公转和自转，在凸轮的作用下实现旋盖、旋盖、旋盖、旋盖、旋盖的动作，从而完成整个封盖过程。成品瓶通过送瓶拨轮从压盖机转移到送瓶链上，瓶子由送瓶链送出三合一机。
为了建立和保持果汁饮料灌装机内部的无菌环境，在无菌洗水瓶、无菌灌装和封盖设备上设置微生物屏障和100级空气净化系统。根据不同区域的洁净度要求，设置不同的正气压，即洁净度要求高的区域的气压高于洁净度要求低的区域，使可能被污染的空气不会进入洁净度要求高的无菌空间。目前无菌灌装盖的灭菌方法有:喷雾法、喷雾法、紫外线照射法。采用杀菌可靠性高的消毒液喷雾法对盖子进行杀菌，杀菌停留时间有很大的余地。
1、材料和材料通道的无菌处理。灌装后的物料采用超高温自动瞬时灭菌(简称UHT)设备进行灭菌。这种方法不仅能有效地对物料进行杀菌，还能减少因物料长时间受热而引起的产品风味变化，是目前常用的效果较好的物料灭菌方法，灭菌效果能保证商业无菌要求。
2、包装材料的无菌处理。目前无菌灌装瓶的灭菌方法有:喷雾、喷雾、灌装。由于国内厂家很难将瓶子的初始污染程度控制在一个较低的指标，果汁饮料灌装机采用灭菌可靠性高的灌装方式对瓶子内部进行灭菌，瓶子外部采用喷淋方式清洗灭菌，为灭菌保留时间留出充足的空间，可以保证达到商业灭菌要求。
